TY - THES TI - Webový server pro predikci 3D struktury proteinu TT - Web Server for Protein Structure Prediction AU - Votroubek, Lukáš AB - Tato práce se zabývá proteiny, především jejich strukturou a způsoby predikce terciární, neboli 3D, struktury. Predikce terciární struktury je důležitá pro zjištění funkce těchto životně důležitých látek. Využití metod bioinformatiky velice zefektivňuje a zrychluje predikci, protože klasické metody přímého zjišťování struktury z molekuly jsou drahé a pomalé. Na druhou stranu jsou zatím mnohem přesnější. Cílem práce je přiblížit metody používané pro predikci terciární struktury, popsat nástroje, které se používají a možnosti automatické komunikace s nimi. Dále je cílem popsat implementaci serveru, který bude sloužit proteinovým inženýrům pro efektivnější zjišťování informací o terciární struktuře z více nástrojů, aniž by museli zadávat požadavek na každý zvlášť. Také zde budou popsány výsledky testování. AB - This work deals with proteins, especially with their structure and kinds of tertiary, or 3D, structure prediction. Tertiary structure prediction is very important for function prediction of this vitally important substance. Bioinformatics do this prediction much more effective and faster, because classical methods of structure prediction directly from molecule are very expensive and slow. On the other hand they are much more exact. Objective of this thesis is to describe tertiary structure prediction methods, describe used tools and possibility of automatic communication with them.  Next objective is describe implementation of server, that will serve to protein engineers for more effective finding of information about tertiary structure from more servers without requesting each of them separately. Results of testing will be described in this work too. UR - http://hdl.handle.net/11012/53468 UR - http://www.nusl.cz/ntk/nusl-236225 A2 - Burgetová, Ivana A2 - Očenášek, Pavel LA - cze KW - Superfammily KW - de novo KW - iPBA KW - prediction KW - SAM-T08 KW - Swiss model KW - terciární struktura KW - HHPred KW - Robetta KW - 3D struktura KW - tertiary structure KW - Fugue KW - PSI-PRED KW - JSP KW - LOOPP KW - 3D-Jigsaw KW - AS2TS KW - I-TASSER KW - ESyPred3D KW - ab initio KW - homologní modelování KW - CPH-models KW - JAVA KW - Geno3D KW - Phyre2 KW - homology modeling KW - predikce KW - threading KW - 3D structure KW - RaptorX PY - 2013 PB - Vysoké učení technické v Brně‎, Antonínská 548/1, 601 90 Brno, http://www.vutbr.cz/ ER -