Original title: Predikce proteinových domén
Translated title: Protein Domains Prediction
Authors: Valenta, Martin ; Martínek, Tomáš (referee) ; Burgetová, Ivana (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2013
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Práce představuje oblast proteinů a jejich domén. Stručně popisuje metody získání proteinové struktury na různých úrovních hierarchie. Pozornost je dále věnována existujícím nástrojům pro predikci proteinových domén a databázím sdružujícím informace o doménách. Dále jsou představeni vybraní zástupci metod predikce pracující jak s informacemi o vnitřní struktuře molekuly, tak se sekvencí aminokyselin. V příslušné kapitole je nastíněn realizovaný postup predikce hranic domén z primární struktury proteinu, využívající neuronovou síť. Zbývající část práce se zabývá testováním vytvořené implementace metodou křížové validace a možnostmi jejího dalšího rozvoje. The work is focused on the area of the proteins and their domains. It also briefly describes gathering methods of the protein´s structure at the various levels of the hierarchy. This is followed by examining of existing tools for protein´s domains prediction and databases consisting of domain´s information. In the next part of the work selected representatives of prediction methods are introduced.  These methods work with the information about the internal structure of the molecule or the amino acid sequence. The appropriate chapter outlines applied procedure of domains´ boundaries prediction. The prediction is derived from the primary structure of the protein, using a neural network  The implemented procedure and its possibility of further development in the related thesis are introduced at the conclusion of this work.
Keywords: Back-Propagation; classification of protein domain. database of protein domains; Domain parser; DOMpred; DOMpro; genetic algorithm.; InterProScan; neural network; Pfam; PPRODO; protein domain; protein structure; Proteins; PSI-BLAST; PUU; SCOP; Back-Propagation; databáze proteinových domén; DoBo; Domain parser; DOMpred; DOMpro; genetický algoritmus.; InterProScan; klasifikace proteinových domén; neuronová síť; Pfam; PPRODO; proteinové domény; Proteiny; PSI-BLAST; PUU; SCOP; struktura proteinů

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/53406

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-236163


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses