Original title: Systém pro zpracovaní skóre z metod identifikace proteinů v tandemové hmotnostní spektrometrii
Translated title: Scoring Processing System for Protein Identification in Tandem Mass Spectrometry
Authors: Valla, Martin ; Svobodová-Vařeková, Radka (referee) ; Provazník, Ivo (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2008
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Cílem práce bylo nalezení metody generující jeden určující parametr pro sjednocení výsledků z různých nástrojů identifikace proteinů v tandemové hmotnostní spektrometrii. Data na výstupu z hmotnostního spektrometru jsou zpracována ve dvou na sobě nezávislých nástrojích Mascot a X!Tandem. Výsledky jsou pak navrženou metodou zpracovány a unifikovány jediným parametrem jednoznačně určujícím identifikaci nalezených proteinů. Navržený skórovací parametr se označuje jako Metaskóre a je výstupem metody, která byla implementována v prostředí MATLAB a prakticky ověřena na reálných datech z veřejně přístupné databáze. The goal of my diploma thesis was finding a suitable method for unifying score values from various protein identification search tools in MS/MS mass spectrometry into one single score value. Data coming from the output of mass spectrometer are processed in two independent search tools Mascot and X!Tandem. These were selected especially for their wide usage in proteomic labs. Both results are evaluated through newly designed function and unified by single valued score clearly identifying found proteins. Newly designed scoring value is called Matascore and function producing this score was implemented in MATLAB. Function and its results were successfully tested by real data available in public databases on the Internet.
Keywords: Mascot; Metascore; MS/MS; peptide mass fingerprint; Score; tandem mass spectrometry.; X!Tandem; Mascot; Metaskóre; Ohodnocení; peptidová mapa; tandemová hmotnostní spektrometrie.; TMS; X!Tandem

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/12890

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-217552


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses