Original title: Analýza genů pro ribozomální RNA u variet Brassica napus (řepka olejka)
Translated title: Analysis of rRNA genes in variets Brassica napus
Authors: Dofková, Květoslava ; RNDr.Roman Matyášek, CSc. (referee) ; Kovařík,, Aleš (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2011
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická
Abstract: [cze] [eng]
Brassica napus (AACC, 2n = 38) je allotetraploidním druhem, který vzešel z křížení diploidních druhů Brassica rapa (AA, 2n = 20) a Brassica oleracea (CC, 2n = 18). Cílem práce bylo provést genetickou a epigenetickou analýzu vysokokopiových genů pro ribozomální RNA (rDNA) u několika variet hybridního druhu B. napus. Experimenty zahrnovaly stanovení poměru rodičovských genů v hybridech, sekvenční a methylační analýzu promotorové oblasti rDNA. Pomocí Southernovy hybridizace byla zjištěna značná proměnlivost v zastoupení rodičovských jednotek rDNA mezi jednotlivými varietami. Data ze sekvenční analýzy byly v dobré shodě s hybridizačními experimenty a u jedné z variet byla pomocí sekvenace odhalena genetická rekombinace mezi rodičovskými jednotkami rDNA. Methylační analýzou, která byla provedena pomocí hydrogensiřičitanového sekvenování, bylo u hybridů zjištěno, že jednotky rDNA původem z B. rapa mají vyšší hodnotu methylace než jednotky původem z B. oleracea. Brassica napus (AACC, 2n = 38) is an allotetraploid species derived from the parentel diploid species Brassica rapa (AA, 2n = 20) and Brassica oleracea (CC, 2n = 18). The aim of thesis was to carry out the genetic and epigenetic analysis of high-copy rRNA genes (or rDNA) in several varieties of hybrid species B. napus. The experiments involved determining the ratio of parental genes in hybrids, sequencing and methylation analysis of the promoter region of rDNA. Using Southern hybridization, it was revealed significant variability in the number of parental rDNA units between each variety. Data from sequence analysis were in good agreement with the results of Southern blot. Genetic recombination between parental rDNA units was revealed in one variety by DNA sequencing of promotor region. To study methylation, bisulfite sequencing was performed. It was found out that rDNA units of B. rapa origin have a higher value of methylation than units originated from B. oleracea.
Keywords: Brassica napus; DNA methylation; rDNA homogenization; Brassica napus; homogenizace rDNA; methylace DNA; rDNA

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/3211

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-216749


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses